Projektno delo na Pravnem centru za varstvo človekovih pravic poteka pod okriljem projektnega oddelka, ki svoje projektne ideje prijavlja na nacionalne in mednarodne razpise. Zavod se od začetka delovanja leta 2013 uspešno povezuje z drugimi organizacijami doma in v tujini, redno izvaja projektne aktivnosti ter ustvarja nove možnosti za mednarodne povezave.